"В установках порта стоит USB" - я понимаю , что Вы подразумеваете - в "настройках порта микросхемы". Попробуйте прочитать в АРМ напрямую (без программатора и флэш-платки). Если всё сделаете правильно, а чтения КФ в запись ЦП100-ТМ10 не произойдёт, то скорее всего "битая конфигурация" - неисправность памяти ЦП, а если произойдет - программатора или флэш-платки. Надеюсь у Вас АРМ с сайта (на настоящий момент версии 1.03), т.к. предыдущие версии могут не поддерживать UD-IE-2.
Должен заметить "на потом" - для АРМ на сайте есть отдельный форум.